Pedoman Pelaksanaan UKS ini merupakan penyempurnaan dari Pedoman Pelaksanaan UKS sebelumnya. Disusunnya pedoman ini bertujuan agar UKS dapat dilaksanakan di sekolah sesuai dengan panduan dan kebijakan yang telah ditetapkan oleh Tim Pembina UKS. Sasaran Pedoman Pelaksanaan UKS ini adalah Tim Pelaksana UKS di sekolah baik negeri maupun swasta. Dalam pedoman ini berisi bagaimana melaksanakan UKS secara benar yang meliputi bagaimana pembentukan Tim Pelaksana UKS, penyusunan rencana/program UKS bagi Tim Pelaksana UKS, dan cara melaksanakan program UKS serta bagaimana cara melaksanakan monitoring, evaluasi, dan pelaporannya.